沙羅洞可找到最少19種淡水魚,最受注目要數香港鬥魚(Macropodus hongkongensis),牠的分布狹窄,只在香港及廣東東南部出現,被漁農自然護理署評為受關注物種。
當地的本地原生淡水魚類正受外來物種影響,包括食蚊魚(Gambusia affinis)、孔雀花鱂(Poecilia reticulata)和劍尾魚(Xiphophorus hellerii)等,這些外來物種快速生長,大量佔據棲息地與食物,正威脅棲息於當地的本地原生淡水魚類的生存。